CAR-T疗法对血液肿瘤的治疗效果远高于传统药物和方法，但是CAR-T疗法也面临一些不容忽视的问题，这些问题不解决的话必然极大的束缚CAR-T的发展。CAR-T杀伤肿瘤细胞时释放大量细胞因子，强烈激活体内免疫系统，也就是所谓的细胞因子突释综合征（CRS），CRS是CAR-T最常见的严重不良反应，目前是通过输入IL-6R等单抗药物阻断免疫系统激活来应对。可能的解决方向：① 设计更安全的CARs并严格限制每次输注的细胞数量来降低发生风险。② 糖皮质激素及细胞因子拮抗剂具有减少细胞因子风暴相关死亡的作用。③ 高Ｃ反应蛋白（CRP）与严重的细胞因子风暴相关，可能作为预测标记物。④ 采用“自杀基因系统”特异性诱导CAR-T细胞凋亡，有助于降低细胞的毒性反应。⑤ 构建默认关闭，只有在调控药物作用下才会开启的“On Switch”CAR-T细胞，用以控制CAR-T作用的时间和剂量，提高治疗的安全性。
CAR-T可能导致神经毒性，发生率比较低，目前是通过激素治疗来应对。可能的解决方向：CAR-T导致神经毒性的机制目前尚不清楚，仍需要进一步研究。CAR-T可能导致脑水肿，发生率非常低，但是一旦发生，后果非常严重，而且目前尚无有效的应对措施。JUNO和Kite制药的CAR-T临床研究中均发生了患者因脑水肿导致死亡的情况。可能的解决方向：脑水肿可能是由CAR-T治疗中的其他副作用进一步导致的，具体机制仍要进一步研究。面对实体肿瘤，CAR-T目前仍无突破性进展。可能的解决方向：实体瘤常常同时表达多个肿瘤抗原，通过设计多个抗原复合的CAR结构，识别抗原组合，提高杀伤的特异性。
CAR-T的脱靶情况也是比较常见的副作用，Cellectis公司的CAR-T疗法CD123据推测就是因为脱靶导致患者死亡。可能的解决方向：① 寻找仅在肿瘤细胞表达的特异性抗原。② 设计多个抗原复合的CAR结构来识别抗原组合，从而降低误伤。③ 选择间质细胞细胞作为攻击对象，间接作用肿瘤细胞，应对肿瘤细胞基因不稳定导致靶抗原丢失从而逃逸CAR识别的情况。④ 降低CAR-T细胞亲和力，从而提高杀伤特异性，减少“脱靶效应”，提高治疗的安全性。售价过高，诺华上市的CAR-T疗法售价高达47.5万美元，对于绝大多数患者来说，仍是可望而不可即。可能的解决方向：① 加强对CAR-T研究的鼓励和支持，随着技术的成熟和疗法的增多，价格也会随之下降。② 将CAR-T疗法纳入医保报销范围。
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