第一代EGFR TKIs厄洛替尼和吉非替尼继发性耐药的主要机制是在含有原始致敏突变的相同EGFR等位基因上发生T790M突变，TKI阻断对突变蛋白的抑制。在这种情况下检测EGFR T790M突变已成为临床上必要的措施，因为第三代EGFR TKIs奥希替尼/泰瑞沙，在突变的情况下是有活性的。
重要的是，继发性临床抗性的遗传机制以亚克隆方式产生。实验研究表明，大部分肿瘤细胞群体中少量存在的EGFR T790M突变（少至5％），通常Sanger测序是检测不到的，即使用EGFR TKI治疗，也可能导致生长增加。当活检包含高比例的非肿瘤细胞时，检测仍具有挑战性。我们建议实验室应该具有高灵敏度的检测方法，用于检测EGFR TKI初始应答后进展或复发的患者治疗后活检组织中的EGFR T790M突变。
确立T790M检测在预测对奥希替尼反应的临床试验中，使用商业等位基因特异性实时PCR测定，报道检测5％突变等位基因部分的下限。研究表明即使不是最优选择，也可以用液滴数字PCR进行灵敏度分析，并在适当分析设计的基础上，NGS方法也能提供这种水平的灵敏度。
最后，目前正在进行试验以评估第三代EGFR抑制剂作为EGFR突变型肺腺癌的一线治疗的价值。数据显示，第二个获得性耐药突变C797S可能出现在奥希替尼治疗T790M疾病后进展的肿瘤中，但病例非常罕见而且研究不足，目前还不能被治疗，所以不建议常规进行C797S检测。
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