精准治疗的角度来讲，选择药物的前提首当其冲应该是进行基因检测，然后根据检测出的靶点选择相应的药物，因为尽管第二代的药物在大部分ALK位点上重合，但是在少部分位点上也存在差异，这也是选药的基本依据所在。
但是，仅仅依靠基因检测可能远远不够。由于这三种药物在毒副反应方面存在一定的差异，比如色瑞替尼ceritinib的消化道反应较重，阿来替尼的肝脏毒性以及brigatinib的肺毒性等，这也能为药物的选择提供一定的依据。
而实际上，除了这些特征外，实际上这三种药物穿透血脑屏障的能力不一样，相比于brigatinib与ceritinib，目前对ALK阳性肺癌患者出现脑膜转移后使用的药物大都为alectinib，其主要原因除了其药物剂量范围较宽以外，实际上也间接说明alectinib在穿透血脑屏障的能力方面可能更胜一筹,这一点很可能需要引起临床的重视。
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