早期二线TKI研究的纳入标准只是限于对一线伊马替尼治疗抵抗或不耐受，或持续低级别不良事件；近年来二线换药研究则主要关注一线伊马替尼治疗反应不理想或持续低级别不良事件，这使得研究得以获得较高的疗效反应。中国3个月二线换药研究同样显示，一线伊马替尼未达到EMR后早期换用尼洛替尼获得更好疗效。
而2101研究证实，一线伊马替尼治疗反应不理想或持续低级别不良事件后换用二线尼洛替尼，可以获得更优EMR及MMR，从而改善长期PFS及OS，且从伊马替尼换用尼洛替尼后很少出现交叉不耐受，同时相对于一代TKI，尼洛替尼不良事件发生率相对较低。此外，尼洛替尼作为二线治疗时，也可以实现TFR，并且TFR期间失去MMR的患者重启尼洛替尼治疗后，绝大多数仍能获得MR4和MR4.5。
CML治疗一年内的分子学反应深度是非常重要的预后指标，因此ESMO指南推荐CML的治疗目标在于任何时候获得更早、更深层次的分子反应。一线TKI治疗3个月时EMRa失败的患者，超过50%患者在6个月时也将治疗失败。IRIS研究随访10年观察到，约有40-50%的CML患者需要二线TKI改善治疗效果，以达到理想的反应，尤其是短期内疾病进展和死亡风险高的患者。
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