卡培他滨的副作用相对是比较少的，一般的不良反应常有疲乏，但严重者极少见。主要表现在以下几个方面：消化系统：卡培他滨最常见的副反应为可逆性胃肠道反应，如腹泻、恶心、呕吐、腹痛、胃炎等。神经系统：头痛、感觉异常、味觉障碍、眩晕、失眠等较常见，但严重者少见。心血管系统：下肢水肿较轻且不常见。尚未见其他心血管系统副作用。血液系统：中性粒细胞减少且少见也不严重，贫血极少见也不严重。皮肤：在几乎一半使用卡培他滨的病人中发生手足综合征：表现为麻木、感觉迟钝、感觉异常、麻刺感、无痛感或疼痛感，皮肤肿胀或红斑，脱屑、水泡或严重的疼痛。皮炎和脱发较常见，但严重者很少见。其他：厌食及脱水常见，但重者极少见。
卡培他滨最常见的副反应为口腔溃疡和腹泻，那么患者出现这些情况该如何处理？服用卡培他滨可能引起口腔溃疡。为了预防口腔溃疡，患者要使用柔软的牙刷每日早晚、用餐后刷牙。不要等症状出现才开始护理口腔。开始化疗前，建议到口腔科做口腔检查，妥善处理蛀牙和松动的牙腔填充物。必须仔细照护牙齿、牙龈，这样有助于预防化疗期间的感染和口腔出血。出现严重口腔炎时需及时就医并调整卡培他滨用药剂量。
患者服用卡培他滨之后如果出现腹泻(大便呈稀烂或水样便)超过5次/日，应尽快与医生联系。通过医生的治疗可以有效控制腹泻，患者要多饮水(开水、果汁、淡茶、汤汁等均可)，但奶制品会加重腹泻，所以不提倡饮用。而在腹泻控制前不要进食富含纤维的食品。卡培他滨的剂量根据剂量调整表进行调整。
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