目前，对于原发的局限性可切除的胃肠道间质瘤（GIST），外科手术仍然是最重要的治疗方法，而且是惟一可能治愈GIST 的方法。对于晚期不可切除的原发GIST 可首选格列卫（伊马替尼）治疗，初始剂量400 mg/d。格列卫治疗可能使肿瘤缩小，甚至达到手术切除的标准。
对于复发和转移、特别是对格列卫继发耐药的晚期GIST，综合文献报道和经验，选择外科手术联合酪氨酸激酶抑制剂治疗，根据病人的不同情况，制定个体化综合治疗方案，可提高总生存期。如果肿瘤完整切除后的GIST 病人未进行系统的格列卫治疗，而肿瘤复发和转移，建议先口服格列卫400mg/d，结合治疗效果、肿瘤的基因状态和可切除性等方面考虑是否手术。
如果行手术切除，手术时机尽量选取在格列卫（伊马替尼）充分发挥疗效、产生继发耐药之前，术后继续格列卫或舒尼替尼治疗。如果病人在系统的格列卫治疗过程中发生肿瘤复发和转移，应视为格列卫继发耐药，如肿瘤仍可完整切除则行再次手术，切除复发和转移病灶，可以延长病人的生存时间。
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