CAR-T免疫治疗与靶向药一样，也是有靶点的。目前的CAR-T疗法都是一CD19为靶点的，目前CD19也是最被人们熟知的CAR-T疗法靶点。但除了CD19之外，还有其他许许多多的靶点，目前所展开的CAR-T疗法临床试验，就有许多是以其他靶点为研究方向的。
D19 CAR-T治疗完全缓解后复发时CD19阴性，说明存在抗原逃逸；靶向CD19的有效性优于CD20和CD22，提示高密度CAR靶点表达疗效更优；一些髓外疾病，如后腹膜或CNS白血病，对治疗无反应，缺少髓外疾病反应率的正式评估数据；不清楚为什么急性淋巴细胞白血病的CD19 CAR-T治疗反应明显优于慢性淋巴细胞白血病或非霍奇金淋巴瘤，疾病部位、肿瘤微环境和宿主T细胞功能可能与之相关。
CAR治疗对B细胞肿瘤的有效性为其它恶性血液肿瘤的治疗提供了范例，现已开始探讨治疗多发性骨髓瘤的CAR靶点，如kappa轻链、CD138、Lewis Y抗原、BCMA、CS1 、CD38和整合素β，其中靶向BCMA的研究结果很好。急性髓系白血病的CAR靶点也在探讨中，包括CD33、CLEC12A、CD44v6、EMR2、Tim3、CD70、Lewis Y抗原、CD123和叶酸受体β，其中CD123 CAR-T细胞可导致致死性并发症，因此需要谨慎评估此靶点。对缺少类似CD19这样优质靶点的疾病，同时靶向≥2个抗原，对减少抗原逃逸、同时不加重毒性有一定作用。
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