我们常说，是药三分毒。对于癌症治疗来说，几乎所有的癌症治疗方案都有着大大小小的副作用。尽管CAR-T疗法是一种新型的癌症免疫治疗方案，但是CAR-T同样难逃副作用这一关。CAR-T细胞治疗的主要副作用是细胞因子风暴。
B细胞增生不良是可预测的不良反应，因为CARs靶向的是B细胞分化抗原。临床研究显示，CD19 CARs所致的B细胞增生不良更彻底，超过了利妥昔单抗，在CAR-T细胞去除后可快速恢复。CAR所致B细胞增生不良的治疗指南不断完善，成人和儿童治疗并不相同，因为儿童具有不完全的长期存活的浆细胞和较弱的体液免疫。
CAR-T细胞治疗时，部分患者出现发热、低血氧、低血压和神经系统改变，伴明显细胞因子增高，上述改变称作细胞因子释放综合征（CRS），其发生与CD19和B细胞成熟抗原（BCMA）CARs相关。就CD19 CARs而言，CRS的严重程度与肿瘤负荷相关，甚至可发展为危胁生命的毛细血管渗漏综合征。对CAR治疗无反应患者少有CRS发作。CRS发生与T细胞活化和高水平细胞因子有关，如干扰素γ和IL-6。托珠单抗为IL-6受体拮抗剂，对严重CRS有治疗作用，已获FDA批准使用。如阻滞IL-6受体仍不能快速缓解症状，应立即糖皮质激素治疗。
所有针对CD19和BCMA的CAR T细胞治疗都具有神经毒性，双特异性抗CD19和CD3单抗blinatumomab也有类似神经毒性，因此推测神经毒性的发生与针对CD19靶抗原相关。虽然造成神经毒性的具体机制并不清楚，但毒性通常完全可逆，与癌症中枢神经系统（CNS）转移并无关系，神经毒性发作时可发生脑水肿，目前治疗仍是经验性治疗。因为CRS风险和神经毒性，FDA要求使用CAR-T细胞治疗前，医师和医院工作人员要完成副作用治疗的相关培训。
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