我们研究了曲美替尼(Trametinib)治疗黑色素瘤细胞系的疗效。细胞活力测量表明,反应性是异质性的,观察到治疗有应答者和细胞系对曲美替尼(Trametinib)大多有抗性。在NRAS突变组、BRAF突变组和野生型细胞系中检测到应答细胞系和耐药细胞系(存活率下限为50%),这表明细胞突变状态可能只携带有限的关于曲美替尼(Trametinib)反应性的信息。此外,治疗反应性与细胞系来源的肿瘤进展阶段无关。
曲美替尼(Trametinib)特定MAPK抑制剂,我们下一个调查其影响磷和总数量的MEK和ERK激酶在三个代表从敏感或耐药细胞系子组。尽管总蛋白质的量保持不变在所有的细胞系测试,曲美替尼(Trametinib)MAPK通路的镇压活动响应和抗细胞。
在MEL-JUSO和SK-MEL147细胞,曲美替尼(Trametinib)预期会抑制ERK,但不会抑制MEK。此外,我们还研究了曲美替尼(Trametinib)在两组中诱导的细胞死亡类型。通过碘化丙啶摄取来测定细胞死亡,在反应细胞系中诱导的剂量依赖于剂量,而不考虑个体突变状态。
在大多数情况下,Q-VD-OPh抑制pan-caspase可有效防止细胞死亡,表明细胞凋亡是原发病的细胞死亡方式。相应的,在反应细胞系中检测到pro-caspase-3缺失和poly[adp-核糖]聚合酶1(PARP)分裂。
正如预期的那样,耐药细胞系没有显示出任何凋亡细胞死亡的迹象。综上所述,这些发现表明曲美替尼(Trametinib)可以诱导凋亡,而不依赖于黑色素瘤细胞的突变状态。除了可以克服依赖或抑制MAPK通路的主动代偿反应外,其他激酶的预处理活性也可以共同决定曲美替尼(Trametinib)的反应性。
我们下一步研究的是,治疗前的细胞磷蛋白信号是否可能携带单个黑色素瘤细胞系是否对治疗有反应的信息。为了便于观察,我们根据细胞对曲美替尼的响应,在PC空间对细胞系进行了颜色编码。
虽然响应性和抗性细胞系在三维空间中倾向于空间分离,但我们也在特征值大于1的PCs(PCs1-4)定义的超空间中,将LDA作为更客观的聚类分离算法。LDA正确分离出24株细胞系中的21株(87.5%),证实了磷蛋白信号可以将黑色素瘤细胞系区分为对曲美替尼有反应的细胞系和耐药的细胞系。
为了测试这些签名是否足够强,能够在个案基础上预测响应性,我们执行了LOOCV。为此,我们运行了24个PCAs,每个PCAs使用23个细胞系的不同磷酸蛋白特征集,并使用LDA来定义响应性和抗性的超空间区域。
然后,根据它们的磷蛋白特征,将个别省略的细胞系定位到各自的PC空间。如果测试的细胞系定位在正确的响应区域,则认为预测是成功的。LOOCV准确预测了24株细胞系中20株(83.3%)的曲美替尼反应性(Fig.3d),表明磷蛋白信号携带的信息可以很准确地推断曲美替尼的反应性。详情请扫码咨询:
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