研究者们发现色瑞替尼是P-gp的底物，在患者的体外或者是体内下调P-gp表达可增加患者肿瘤细胞对色瑞替尼的敏感性；P-gp的过表达导致色瑞替尼向细胞外排出亢进继而诱发耐药性。
虽然P-gp过表达可诱导色瑞替尼、克唑替尼耐药性，但P-gp不诱导PF-06463922或alectinib耐药性。对于二代ALK抑制剂alectinib和lorlatinib，由于二者不因P-pg过表达而改变药物敏感性（不是P-gp底物），患者源性P-gp过表达细胞对alectinib及PF-06463922治疗有效，低浓度用药即可见增殖抑制效果。
为了克服药物的耐药性，科学家们开始尝试P-糖蛋白抑制剂MS209联合色瑞替尼疗法。在细胞系和小鼠异种移植实验中， P-gp抑制剂可增加患者肿瘤细胞对色瑞替尼的敏感性。患者源性P-gp过表达细胞对色瑞替尼联合P-gp抑制剂治疗有效，联用 MS209克服了因P-pg产生的色瑞替尼（Ceritinib）、克唑替尼耐药性。
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