对GIST一年和三年的辅助治疗结果显示，以往研究显示无进展生存期有所延长，但对总生存期的影响不大。最新7.5年的长期随访显示，高危GIST患者口服伊马替尼（Imatinib）3年辅助治疗可以明显改善总生存。这与现有的治疗模式一致，对于GIST特别是高复发风险的患者依然推荐术后口服伊马替尼3年。CSCO胃肠间质瘤专业委员会的几位年轻研究者对国内中复发风险的患者进行了回顾性分析发现，中位患者术后辅助治疗3年可以看到很好的生存获益。
在GIST二线治疗方面，众所周知国际上有两种选择，伊马替尼常规剂量治疗失败后，一种选择是用舒尼替尼作二线治疗的更换；另外一种是提高伊马替尼剂量。我们并不知道哪些患者采用哪些更好，初步研究显示对于外显子11点突变或插入突变的患者适合提高伊马替尼剂量，可获得获益，而舒尼替尼适应的患者与基因突变无相关性。
但是对伊马替尼加量后无效或者出现其它基因缺失突变的患者，可用舒尼替尼延长疾病稳定期。GIST三线治疗的选择方面，既往我们使用瑞格非尼、索拉非尼，但最近我们有了新的选择即帕唑帕尼出，帕唑帕尼针对舒尼替尼及伊马替尼失败的GIST患者仍能获益，特别是外显子17、18突变的患者疗效尚可，仍需要不断探索。
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