抗纤维化治疗与胃肠道不良事件相关。尼达尼布最常见的副作用是腹泻，在INPULSIS试验中，62.4%接受尼达尼布治疗的受试者出现腹泻，而接受安慰剂治疗的受试者为18.4%，但在尼达尼布组中，只有4.4%的受试者出现永久性停药。吡非尼酮更常见于恶心和食欲下降，而不是腹泻，建议在餐中或餐后服用，以减少胃肠道问题。
吡非尼酮还与皮疹和光敏性有关，因此应建议患者尽量减少暴露在阳光下，并使用高防晒系数的防晒霜。尼达尼布和吡非尼酮都与肝酶升高有关。关于使用尼达尼布和吡非尼酮联合治疗的耐受性资料很少，但其不良事件特征似乎与单个药物的不良事件一致。对服用抗纤维化药物时可能出现的副作用进行管理对帮助患者继续治疗很重要。
建议通过中断治疗和减少剂量进行剂量调整，并建议补充足够的水和使用洛哌丁胺等药物来减轻胃肠道不良事件的症状，以管理副作用。重要的是，在临床试验中为管理副作用而进行的剂量调整并没有减少在降低肺功能下降方面的治疗获益。大多数患者能够耐受抗纤维化治疗，并且随着时间的推移，由于不良事件导致的停药减少。
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