对三阴性乳腺癌治疗的早期探索始于认识其分子本质。在这一阶段，研究人员认识到三阴性乳腺癌本质上是一群混合型乳腺癌，可以被分为4-6个亚型，进而提出了三阴性乳腺癌分子分型的概念。此外，研究人员发现三阴性乳腺癌中存在一些高频的、特异性的基因组学事件，如BRCA1/2基因的胚系突变、PD-L1的高表达和雄激素受体的高表达，是潜在的治疗靶点。
在此基础上，三阴性乳腺癌的治疗模式逐步从一刀切的“群体治疗”转换为“分类而治”和“靶向治疗”。所谓分类治疗，是将三阴性乳腺癌划分为几个亚组，在亚组内部进行治疗。比如本中心运用全转录组数据建立预测模型，根据三阴性乳腺癌的复发风险将患者分为高危和低危组，并正开展前瞻性临床试验针对高危组患者进行强化化疗。
此外，本中心还尝试运用转录组数据将三阴性乳腺癌分为四个亚型，并提出了四个亚型潜在的治疗策略。所谓靶向治疗，是指针对检测发现的特异性靶点进行治疗。如，IMPassion130证实，在免疫细胞表达PD-L1的转移性乳腺癌中，一线治疗在传统化疗基础上加用PD-L1拮抗剂可以显著改善患者预后。
OlympiAD则表明PARP抑制剂奥拉帕尼在BRCA1/2胚系突变阳性、HER2阴性的转移性乳腺癌患者中，可以提高患者无进展生存期。尽管如此，我们注意到“分类而治”和“靶向治疗”的治疗策略均存在一定缺陷。“分类而治”时，分类很难做到足够精细、足够彻底，每个亚组内部仍存在一定的异质性；“靶向治疗”时，治疗靶点阳性的人群往往较小，检测和治疗的效价比不高。三阴性乳腺癌的治疗仍需要新模式、新策略。
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