八十年代末期对乳腺癌的了解仍集中于表象，使诊治陷入了瓶颈。1992年美国放射学会发布了第一版“乳腺影像报告和数据系统”（Breast imaging reporting and data system）并分别于1995和1998年完成了第二、三版修订，将BIRADS分级系统用于乳腺X线诊断，为乳腺影像诊断奠定了规范化基础。与此同时，99mTc-MIRI、201铊等可用于原发乳腺癌探测和肿瘤复发诊断的新型放射显像技术蓬勃发展。99mTc-MIRI鉴别乳腺良恶性肿瘤的灵敏度和特异度高达85%与81%，并能显示转移淋巴结，为前哨淋巴结活检（SLNB）的开展与乳腺癌手术方案选择带来新的契机。
1994年，Giuliano率先提出将SLNB作为早期乳腺癌的腋窝分期方式引入乳腺外科治疗。随后，NSABP-B32研究证实对于SLNB阴性的患者，进一步行腋窝淋巴结清扫（ALND）并未取得局部复发及生存获益，该研究确立了SLNB阴性患者避免腋窝清扫的标准。后续的IBCSG 23-01研究肯定了前哨淋巴结1-2枚微转移患者SLNB的可行性；ACOSOG Z0011研究证实，对于行保乳术的T1-T2患者，前哨淋巴结1-2枚宏转移可不进行ALND；AMAROS研究表明，前哨淋巴结1-2枚宏转移患者，腋窝放疗可代替ALND。这些研究进一步推动了SLNB的实施和发展，使其成为继保乳术后外科领域的第二次革命。
九十年代，紫杉类药物接连获批转移性乳腺癌的解救治疗，淋巴结阳性乳腺癌的辅助治疗，与赫赛汀联合用于HER2阳性乳腺癌的一线治疗适应症。NSABP -B32、CALGB9344研究中，腋窝淋巴结转移患者应用蒽环联合紫衫化疗显著降低复发风险。然而，化疗由于缺乏特异性导致的毒副反应，使其在大规模治疗中停滞不前。人们逐渐意识到，寻找肿瘤特异性靶点、研发有的放矢的靶向药物才是攻克肿瘤的方向。
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