苹果酸舒尼替尼的副作用很多，而且很多都比较致命，所以强烈不推荐苹果酸舒尼替尼与其它药物联合使用。苹果酸舒尼替尼的副作用汇总如下：疲劳乏力超过20%、发热、腹泻、恶心、呕吐、腹痛、便秘、高血压、外周水肿、皮疹、手足综合征、毛发变色、头痛、背痛、关节痛、咳嗽、呼吸困难、厌食、出血、肝毒性、左心室功能障碍、QT间期延长、甲状腺功能不全、肾上腺功能不全等。
总体而言，苹果酸舒尼替尼的临床副作用统计里，3-4级副作用发生率为56%，在发生这些副作用的患者群体里，大部分需要停药，少部分可以尝试减量，但是苹果酸舒尼替尼的最低剂量建议不低于25mg，所以对于肝癌患者群体而言，减量空间并不大；在中国患者群体里发生率最高的副作用主要还是血小板减少、白细胞和中性粒细胞减少、手足综合征、皮疹、疲劳乏力、转氨酶升高、血红蛋白减少、毛发变色、高血压这几种。这几种里发生率最高的还是白细胞和中性粒细胞减少、血小板减少、皮疹、手足综合征、疲劳乏力。
针对这些副作用可以对症处理，面部浮肿可以用保钾利尿剂配合苹果酸舒尼替尼、血小板和白细胞减少可用利可君结合地榆升白片、皮疹与疲劳基本上没什么太好的办法处理；在国内外都曾经出现过苹果酸舒尼替尼肝毒性致死的案例，因此尤其要注意查血关注这些重要指标的变化。
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