目前全球已有多项针对不同瘤种的临床研究证明飞尼妥（Everolimus）总体耐受性良好，3/4级不良反应发生率低。最常见的不良反应为口腔炎、皮疹、乏力、腹泻。RADIANT-3研究和RADIANT-4研究中亚洲患者的口腔炎、皮疹均高于整体人群，腹泻和乏力则低于整体人群，血糖及血脂升高在RADIANT-3研究中更为显著。
除了上述不良反应，飞尼妥的不良反应还有代谢异常，症状表现为血糖、胆固醇和甘油三酯升高。如何治疗飞尼妥的代谢异常呢？控制血糖的首要目的是预防感染、酮症酸中毒及高渗性昏迷。可以选择二甲双胍、比格列酮等，必要时可以选择胰岛素治疗。高甘油三酯及高胆固醇血症可能导致急性胰腺炎及心脑血管并发症，应在飞尼妥治疗期间定期监测。
如服用飞尼妥（Everolimus）前即存在血脂升高应同时给予降脂治疗。血脂异常多为1/2级，3级少见，如以胆固醇升高为主时可选用他汀类药物，如以甘油三酯升高为主时可选用贝特类药物。除此之外，患者而还应注意非感染性肺炎。
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