尽管伊马替尼（格列卫）一线治疗胃肠道间质瘤给患者带来了明显生存获益，但伊马替尼标准剂量治疗失败后是加量还是换用舒尼替尼仍存在争议。而回答此问题最好的方法就是进行两种治疗手段的随机对照临床研究，但由于种种顾虑和实际困难，仍未能在这个未知领域做出开拓性研究。随着新药的不断出现，二线治疗面临的选择也更加困惑。
一项II期临床研究结果显示masitinib对比舒尼替尼二线治疗转移性GIST获得了更佳的生存与更低的毒性；尼罗替尼对比高剂量伊马替尼用于伊马替尼常规剂量失败的III期临床研究已完成，等待最终的数据发布；同时，随机、双盲、III期研究（GRID研究）证实了瑞格非尼用于伊马替尼和舒尼替尼治疗失败后GIST患者的有效性与安全性。
目前瑞格非尼被批准用于复发/转移性GIST的三线治疗，是否会开展瑞格非尼的二线治疗研究尚不得而知。谁将成为伊马替尼标准剂量治疗失败后的最优选择或许永远不会有答案，而依据伊马替尼血药浓度的改变、伊马替尼不同耐药机制、基因分型对不同药物的敏感性差异进行个体化选择，才是寻找最优二线治疗的正确方向。
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