CAR-T治疗由于过度激活免疫系统，容易引起较为严重的毒副作用，例如抗CD19的CAR-T细胞攻击损伤正常B细胞，甚至可导致B细胞耗竭，不过靶向CD19虽然会造成B细胞发育不良，但是短期内患者可以耐受。因此临床试验中需要寻找特异性更好的靶点。
治疗实体瘤方面，目前发现的新靶点还存在有不同的缺陷。肿瘤细胞除了降低肿瘤抗原的表达，同时还会在肿瘤的微环境中抑制T细胞的活化，联合PD-1、BTK抑制剂……共同治疗肿瘤也是未来的一个潮流。
目前CAR-T疗法使用的都是自体细胞，主要是是为了防止注入的T细胞攻击宿主或者宿主排斥T细胞疗法，但是使用自体细胞不可避免地带来生产流程上的困难和不同患者之间的疗效差异性。寻找过继转移的最佳T细胞类型，降低生产流程和成本，也成为了目前工艺研究的焦点。
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