肝癌发病的生物学背景差异较大，不同肝癌的预后及相应治疗的差别也较大。为反映肿瘤间的差异、对肿瘤进行预后评估及治疗，多个研究对肝癌进行了分子分型。
其中一个研究对肝癌全基因组、转录组及表观遗传学图谱的分析将肝癌分为了两类，分别为增殖型（proliferationclass）和非增殖型（non-proliferationclass），非增殖型又称为炎症型（Inflammationclass），两种型别约各占肝癌的50%。
增殖型肝癌以细胞增殖及生存相关的信号通路激活为主要特征，包括PI3K-AKT-mTOR、RAS-MAPK及MET信号级联信号通路，其中TP53失活、FGF19和CCND1扩增显著富集。增殖型肝癌又可分为两个亚型，WNT-TGFβ型（S1型）和祖细胞型（progenitorcellgroup，S2型），前者的主要特征为WNT信号的非经典型激活，后者以EPCAM、AFP和IGF2过表达及DNA的高甲基化为主。增值型肝癌与HBV相关，预后一般较差。
非增殖型肝癌的异质性较高，至少分为三种亚型，CTNNB1型、Poly7型和干扰素型。其中CTNNB1型主要以CTNNB1突变及WNT的经典型激活为主要特征，该亚型TERT启动子突变的频率较高。从临床表型看，非增值型肝癌主要与酒精及HCV相关，预后较好。
该研究的分型与TCGA根据多组学数据的分型相符，TCGA分型将肝癌分为了3个型别：iClust1、iClust2和iClust3。其中iClust1型与祖细胞型（S1型）大致相符；iClust2型与非增殖型的分型相符，以CTNNB1突变、低频的微血管侵犯为主要特征；iClust3为TP53突变及染色体不稳定型，预后差。
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