1. 瑞戈非尼用于HCC治疗首先面临着患者选择的问题。因为Ⅲ期临床将受试者限定为具有良好肝功能的患者，实际使用中还有很多肝功能差的患者。索拉非尼的临床试验同样也选择了具有良好肝功能的HCC 患者，试验结果揭示索拉非尼可为晚期HCC 患者提供2.8个月的生存获益。当瑞戈非尼广泛应用于HCC 患者时，实际使用者可能并不能取得与临床试验相似的疗效，因为瑞戈非尼Ⅲ期临床试验受试者的纳入标准极为苛刻，不但需要良好的肝功能，还必须耐受索拉非尼治疗。当出现广泛应用时，部分肝功能较差或者不能耐受索拉非尼的患者会不可避免地接受瑞戈非尼治疗，疗效可能并不能让所有患者满意。
2. 瑞戈非尼用于HCC治疗面临的另一个难题来源于其自身高昂的价格。如果瑞戈非尼能显著延长晚期HCC患者总体生存期6个月以上，它将具有较高的性价比。但瑞戈非尼仅能提供2.8个月生存获益，这就要求寻找出对瑞戈非尼具有良好反应性的患者人群，才可能使该治疗方式变得经济实惠。目前临床上还缺乏有效预测瑞戈非尼疗效的指标，因此，发现有效的预测分子标志将会显著提高其临床价值。
3. 瑞戈非尼也将面临治疗耐受和提高疗效的难题。很多种原因会导致瑞戈非尼耐受，需要加大瑞戈非尼的剂量才能维持疗效。研究显示，瑞戈非尼与厄洛替尼的联合用药可能会降低治疗耐受的发生。瑞戈非尼和MET抑制剂的联合用药可能将提高临床疗效。
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