在临床上二甲双胍是用于治疗2型糖尿病患者用来控制血糖水平的药物。有部分的患者在服用了二甲双胍以减轻抗精神病药物的某些副作用。尽管大多数患者对二甲双胍的耐受性良好，但有些患者仍会出现副作用。二甲双胍是2型糖尿病的首选药物，而且是第一个被证明能预防糖尿病或延缓糖尿病发生的药物。但二甲双胍也有比较明确的不良反应，为确保降糖疗效，尽量降低不良反应。
1.消化系统
(1)治疗初始阶段可有腹泻、恶心、呕吐、腹胀以及食欲减退等胃肠道反应，发生率为15%，通常为一过性，继续治疗可自行缓解（大多10周之内）。二甲双胍从小剂量开始，逐渐增加剂量是减少胃肠道初期不良反应的有效方法。
但是，对于餐后血糖明显升高的患者，更宜选用普通片或肠溶片。因为，二甲双胍普通片和肠溶片的血药浓度达峰时间约2~3小时；二甲双胍缓释片的达峰时间约7小时。
(2)长期治疗的患者可出现氨基酸、维生素B12和叶酸吸收障碍，但极少引起贫血。
二甲双胍可抑制维生素B12的吸收，但可通过补充钙剂逆转；二甲双胍可致维生素B12水平降低，但导致巨幼红细胞性贫血罕见。
2.中枢神经系统
偶可出现头痛、激动、眩晕以及疲倦。发病率要明显少于胃肠道反应。一般发生在治疗初期。
3.代谢/内分泌系统
(1)酸中毒：可表现为肌痛、嗜睡、呼吸窘迫、体温降低、低血压、顽固性心动过缓及腹部症状等。(2)低血糖症：目前尚无使用本药治疗剂量引发低血糖症的报道，但如患者摄入的热量不足或同时使用其它降血糖药，仍可能出现低血糖症。
4.皮肤有发生扁平苔癣、皮肤过敏的报道。
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