任何器官都可能受到免疫相关性不良反应的影响，有些反应具有器官特异性。最常受到影响的器官有：皮肤—其免疫相关性不良反应发生率大约为 14% 至 80%；胃肠道—其免疫相关性不良反应发生率为大约 6% 至 57%；内分泌病—如甲状腺功能减退或甲状腺机能亢进等，患者发生率为 4% 至 22%。
在进行免疫治疗之前，通过常规的实验室检验就可以预测某些免疫相关性不良反应发生的可能性。肝脏功能指标肝脏酶类和胆红素、肾功能指标肌酐以及内分泌功能指标血糖和甲状腺激素水平都可以帮助预测发生不良反应的可能性。
免疫相关性不良反应可能出现在免疫治疗期间和治疗后的任何时间，因此免疫治疗完成后的随访非常重要。然而，皮肤、肝脏或胃肠道免疫相关性不良反应的发病时间通常在治疗开始的前 10 周内；内分泌和肺部副反应通常在治疗后 12 周左右开始产生，肾脏副反应通常在治疗开始后 15 周左右发生。
免疫相关性不良反应复杂多样，可以影响任何器官或组织，而且他们的症状可能并不明显。因此，病人应该把所有的健康变化报告给肿瘤医生，因为任何改变，即使看起来很小的变化都能表明某种免疫相关性不良反应可能正在发生。
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