达拉非尼(Dabrafenib)治疗的转移性黑色素瘤患者的肿瘤基因分析

　　达拉非尼（Dabrafenib）是 V600 突变型 BRAF 激酶的选择性抑制剂，最近在转移性黑色素瘤患者中证明与达卡巴嗪相比，无进展生存期 (PFS) 有所改善。目前的研究在 dabrafenib 的 I 期研究中检查了与反应和 PFS 相关的潜在遗传标记。

　　实验设计

　　使用定制基因分型黑色素瘤特异性测定、PTEN测序和使用多重连接扩增和基于阵列的比较基因组杂交的拷贝数分析，对 41 名患者的基线（治疗前或存档）黑色素瘤样本进行了评估。九名患者有可用的治疗和/或进展样本。

　　结果

　　所有基线患者样本均已确认BRAFV600E/K。基线 PTEN 丢失/突变与达拉非尼的最佳总体反应 (BOR) 无关，但它显示出中位无进展生存期 (PFS) 较短的趋势（18.3 [95% 置信区间 (CI) 9.1–24.3] vs. 32.1 周） [95% CI 24.1–33]，p=0.059）。基线时较高的CCND1拷贝数(p=0.009) 和较低的CDKN2A拷贝数(p=0.012) 与 PFS 降低显着相关。尽管没有黑色素瘤具有高水平的 BRAF 扩增，但两名以疾病进展为最佳反应的患者在其肿瘤中具有BRAF拷贝增加。

　　结论

　　拷贝数变化在CDKN2A，CCND1，和突变/拷贝数变化PTEN与PFS的与达拉非尼（Dabrafenib）治疗的患者持续时间相关。结果表明，在设计和解释晚期黑色素瘤患者选择性 BRAF 抑制剂的未来试验时，应考虑这些标志物。

　　据作者所知，这项研究代表了对接受 BRAF 抑制剂治疗的患者，特别是在 I/II 期试验中接受达拉非尼治疗的患者的人类黑色素瘤组织进行的最大的基于遗传和基因组学的检查，以确定与反应相关的相关性。我们专注于编码 MAPK (Ras/Raf/MEK/ERK) 和 PI3K/Akt 通路蛋白质的基因，因为它们是被证明对黑色素瘤发生和进展至关重要的主要信号通路 。细胞周期调节蛋白，如 p16、CKD4 和细胞周期蛋白 D1，也已被证明在黑色素瘤中发挥重要作用，涉及这些的遗传和基因组畸变也被专门研究。我们还采用了更全面的无偏方法，使用 aCGH 来识别可能与反应相关的其他基因组畸变。

　　对 23 名接受达拉非尼（Dabrafenib）治疗的患者的样本进行了先前观察到的 36 个在黑色素瘤中发生改变的基因的拷贝数分析。在这些基因中，较低的CDKN2A拷贝数和较高的CCND1拷贝数与较短的 PFS 显着相关。包含这些基因的区域也与我们对 aCGH 数据的整体（无偏见）分析有关，因为CCND1位于 11q，CDKNA位于 9p。CDKN2A(p16) 的缺失/丢失和CCND1（细胞周期蛋白 D1）的扩增/过表达以前都被认为是黑色素瘤预后不良的标志物。因此，这些遗传变化可以作为响应 BRAF 抑制的预后或预测标志物。CCND1 的扩增也与临床前研究中对 BRAF 抑制的内在抗性有关。其他与 BRAF 抑制的内在抗性有关的基因，包括Rb1缺失、MET和SRC扩增，在我们的分析中并未与 PFS 相关。

　　虽然这项研究包含来自接受达拉非尼治疗的患者的大量黑色素瘤组织样本，但并非所有参与临床试验的患者都可获得样本，这可能限制了我们结果的普遍性。然而，相关研究中包括的患者特征，与整个试验中的那些没有区别（数据未显示）。我们无法确定被确定为与临床结果相关的基因改变是否具有预测性、预后性或两者兼而有之，并且先前的临床和临床前数据支持对数据的两种解释。在进展时收集的一些组织样本缺乏配对的基线样本，这限制了我们对进展样本中遗传和基因组发现的解释。几项研究已经证明了使用大规模平行测序的肿瘤间异质性。基于我们自己在类似样本集（数据未显示）、低水平点突变（<5–10% 等位基因频率）中使用大规模平行测序的研究，例如在NRAS，可能已经错过了。此外，如果没有匹配的种系样本，拷贝数变化（高水平扩增除外）更难解释，特别是对于基于捕获的方法。因此，在这种情况下，大规模平行测序不太可能提供大大提高的灵敏度。最后，由于我们主要关注与黑色素瘤相关的已知基因改变和基因组畸变，因此我们可能没有在该数据集中确定新的临床结果预测因子。

　　总之，我们发现PTEN缺失、CDKN2A缺失和CCND1扩增与达拉非尼（Dabrafenib）治疗后 PFS 降低有关。一项探索性分析（数据未显示）表明携带两种或所有三种药物与 PFS 恶化的趋势相关。尽管该分析的解释受到每组患者数量较少的限制，但将来应考虑在更大的样本集上采用这种方法。最终，如果在未来的患者中得到验证，PTEN、CDKN2A和CCND1 的遗传分析可用于识别应考虑采用一线组合方法的患者，特别是利用由这些基因中的异常激活的药剂。因此，这些数据表明与达拉非尼联合使用的潜在联合疗法可能是最有效的目标。这些研究还强调了对大量患者进行相关活检的试验的持续重要性，以便我们可以深入了解临床结果的预测因素。微信扫描下方二维码了解更多：