丙肝和乙肝在病毒感染的血清标志上不同，乙肝表面抗原是乙肝病毒感染的标志，我们常说的乙肝抗体是保护性抗体;而丙肝抗体不是保护性抗体，则是丙型肝炎病毒感染的血清标志。我们知道，丙肝抗体检测是用于诊断丙肝的最重要手段。由于丙肝病毒RNA检查相对比较昂贵，所以丙肝抗体检测一般作为丙肝感染者的初次筛查。但是，也并非只有丙肝抗体为阳性才能诊断有丙肝病毒感染，有以下两种情况就是已经感染了丙肝病毒但丙肝抗体依然为阴性的可能。
丙肝病毒的隐匿性感染一般发生在免疫低下人群或两种以上病毒共同感染的情况下。在一些免疫低下的人群中，机体的免疫系统对入侵的丙肝病毒不产生抗体或产生的抗体较少，难以检测出来。或者在两种或多种病毒共感染时，病毒之间可能会出现相互干扰的情况，一种病毒会抑制一种病毒的复制或干扰抗体的产生，出现丙肝病毒抗体或抗原的“假阴性，被认为是隐匿性HCV感染。如HIV感染者、实体器官移植受者、低丙种球蛋白血症或者血液透析患者这些免疫低下的患者中可出现抗-HCV阴性这种现象。
丙肝窗口期。一般来说，丙肝病毒侵入人体后抗体不会马上产生，需要经过4～32周才能从血清中检测到抗HCV。从病毒感染到能够从血中检测到抗HCV的这段时间，被医生称为丙肝病毒感染的“窗口期”。在这段“窗口期”时间内，尽管血清抗HCV阴性，但实际上血液内已经存在丙肝病毒的复制，并具有传染性。所以，如果日常有出现疲乏、身体无力、右上腹部感觉不舒服、恶心、呕吐、食欲减退甚至有黄疸现象时，通过检查即使丙肝抗体为阴性，也不能完全排除无丙肝病毒感染。这时候最好再检查一次丙肝病毒RNA是否为阳性，并且保持定期再次复查确诊。
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