正确分型6种丙肝基因型的高效方法是什么

　　通过6次丙肝基因分型检测，分别检测出198例丙肝阳性和82例丙肝阴性。在198例丙肝阳性样本中，6例丙肝基因分型检测分别检测出25例(12.6%)、60例(30.3%)、3例(1.51%)、60例(30.3%)、17例(8.59%)、30例(15.2%)，分别为1a型、1b型、2型、3型、6a型、6f型和6i型、6n型。通过6次丙型肝炎病毒基因分型检测检测出的丙型肝炎病毒的流行情况与最近报道的泰国丙型肝炎病毒流行情况相似。在3个混合基因型样本中，通过6个丙肝基因分型试验，2个和1个样本分别被鉴定为3&6i或6n，3&6a或6f。LiPA2.0法检测丙肝阳性200例，阴性80例。在200份丙肝阳性样本中，LiPA2.0试验基因分型33份(16.5%)、43份(21.5%)、3份(1.50%)、61份(30.5%)、59份(29.0%)和2份(1.00%)样本分别为丙肝1a、1b、2、3、6(c-l)和3、6(c-l)。　

　　通过计算每个丙肝基因型的k(95%CV)值，评估丙肝基因型9G试验和LiPA2.0试验之间的一致性率。k(95%CV)值在0.077(0.067-0.220)-0.659(0.109-1.000)之间。值得注意的是，丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0试验表明，对丙肝2和3的检测具有良好的一致性。然而，这些结果表明，丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0试验在检测丙肝重要基因型如丙肝1a、1b、6的一致性非常差。因此，在个体样本水平上进行数据分析，结果显示丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0试验在235/280个样本中结果一致。　　

　　在235份样本中，6份丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0试验分别检测出22，33，3，60、35和80份丙肝为1a、1b、2，3，6和阴性。在35份丙肝6样本中，6份丙肝基因型9G检测分别检测出17份丙肝(6a或6f)和18份丙肝(6i或6n)。在45/280个样品中发现两种方法的结果不一致。结果发现，6个丙肝基因型9G试验与LiPA2.0试验只有83.9%的一致性。　　

　　因此，为了确定6丙肝基因分型9G检测的准确性和LiPA2.0检测的性能，对差异样本进行测序进行基因分型。在45个有差异的样本中，有6个样本由于没有残馀核酸而没有进行测序。在剩余的39个差异样本中，测序基因分型0、24、1、12和2个样本分别为丙肝1a、1b、6f、6i和阴性。6例丙肝基因分型9G检测结果与测序结果相似，分别检测到1、23、1、12、2例丙肝为1a、1b、3、6a、6f、6i、6n，均为阴性。然而，LiPA2.0检测结果与测序结果完全不符，因为它没有正确地检测到这39份样品中的任何一份。6例丙肝基因分型检测显示1例FP结果为丙肝1a，1/24FN结果为丙肝1b。24份丙肝-1b样本经测序后，LiPA2.0检测出6份丙肝-1a，18份丙肝-6(c-l)。1例样品测序检测为丙肝6f，LiPA2.0法检测为丙肝3。在测序鉴定的12份丙肝6i样本中，LiPA2.0基因分型2份丙肝1a，10份丙肝1b。2例测序阴性标本采用LiPA2.0法检测丙肝-6(c-l)。因此，在39个样品中，LiPA2.0检测结果与测序结果完全不符。　　

　　在6个没有测序数据的样本中，6个丙肝基因分型9G试验分别将2个和4个样本基因分型为丙肝1a和1b。LiPA2.0法分别检测了3份丙肝1a和6(c-l)。然而，6个丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0试验对这6个样本的基因分型结果不一致。因此，这6个样本不用于测定6丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0试验的准确性。排除这些样本的另一个原因是无法获得测序数据。9G检测在三个样本中检测到了混合丙肝基因型。然而，LiPA2.0试验在两个样本中检测到混合丙肝基因型。值得注意的是，测序没有检测到任何样本中的混合丙肝基因型。丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0试验鉴定为单基因型、混合基因型的样本，如果其中一个基因型与测序鉴定的基因型相同，则视为TP。　　

　　为确定6种丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0对丙肝基因型水平的敏感性和特异性。丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0对丙肝1a、2、3和阴性样本的基因分型显示100%的敏感性。丙肝基因分型9G检测和LiPA2.0对丙肝1a基因分型的特异性为99.699.8%。丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0对丙肝2、3和阴性样本的基因分型显示100%的敏感性。丙肝基因分型9G试验和LiPA2.0试验对丙肝阴性基因分型样本的特异性分别为100和97.6%。值得注意的是，丙肝基因分型9G试验对丙肝1b基因分型的敏感性为98.3%。与此相反，LiPA2.0试验显示对丙肝-1b基因分型的敏感性只有57.9%。丙肝基因分型9G检测和LiPA2.0检测对丙肝-1b基因分型的特异性分别为100和95.6%。丙肝基因分型9G检测丙肝基因分型的敏感性和特异性均为100%。然而，对于丙肝-6基因分型，LiPA2.0检测的敏感性和特异性分别为72.9和99.2%。这些结果表明，丙肝基因分型9G试验在丙肝1a、1b、6的基因分型上优于LiPA2.0试验。　　

　　我们确定了6种丙肝基因分型9G试验的总体敏感性、特异性、PPV和NPV。6种丙肝基因型9G检测的总体敏感性和特异性分别为99.5%(95%CI为97.1-100.0%)和98.8%(95%CI为93.5-99.9%)。丙肝基因型9G检测的PPV和NPV分别为99.5%(95%CI为96.4-99.9%)和98.8%(95%CI为92.1-99.8%)。这些结果表明，丙肝基因分型9G检测具有较高的准确率，与测序分析有较高的一致性。此外，临床样本(n=274)的PPV和NPV结果表明，6种丙肝基因分型9G检测是正确分型6种丙肝基因型的高效方法。详情请扫码咨询：