丙型肝炎的治疗目标与乙型肝炎和艾滋病不同。丙型肝炎的治疗目标是达到“持续病毒学应答”，也就是说达到完全治愈。丙肝病毒的复制与乙肝病毒和艾滋病毒不同。丙肝病毒RNA的复制不进入肝细胞核，只在肝细胞质中进行；
而且，丙肝病毒RNA分子的寿命很短，其半衰期仅仅10小时，需要不断地在肝细胞质中更新复制。因此，使用抗病毒药物抑制病毒后，病毒则很容易被清除。只要肝细胞中的病毒被完全清除，则停药后也不会出现病毒学反弹。
因此，丙型肝炎病毒感染是可以完全治愈的，只要抗病毒药物治疗结束后12周或24周用灵敏的方法在血中测不到HCV RNA，就达到了“持续病毒学应答”的治疗目标，也就意味着丙肝病毒感染完全治愈了。
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