尽管目前DAA药物治疗，已经可以覆盖所有的丙肝基因型。但是因为患者的个人情况不同，感染病毒情况也不同，所以在丙肝治疗时，还是需要根据个人的病情，制定个体化治疗方案。可以分为三步来治疗丙肝。首先检测患者体内丙肝病毒的基因分型，丙肝病毒的基因型分为6种，还有多个亚型。
中国的HCV患者以基因1b型为主，占患者比例为56.8%。了解患者感染的丙肝病毒基因型，能够更好地帮助医患双方，明白可供选择的治疗方案有哪些。从而结合患者其他情况及意愿，包括药物疗效、疗程选择、用药便利性、经济负担能力等，选择合适的治疗方案。其次要结合患者的病情因素进行分析，除了年龄、性别、人种、BMI等常规因素外，患者的治疗现状、肝硬化程度、治疗依从性、联合用药情况、合并感染情况都会影响丙肝的治疗效果。尤其对于代偿性肝硬化、HCV合并艾滋病（HIV）感染、晚期慢性肾病或透析、接受质子泵抑制剂治疗、伴遗传性血液病的患者，如果贸然选择用药，可能会因为药物间的相互作用而降低丙肝治疗的疗效或增加药物毒性。
最后，需要重视各种药物的相互作用，当丙肝患者在一起使用其他药物，如心血管疾病药物、代谢疾病用药、抗艾滋病治疗药物等，需要特别注意药物间相互作用，否则容易让丙肝治疗的效果打折扣，不仅不利于患者尽快的恢复健康，还会增加患者的经济负担。即使泛基因型药物也不能避免药物间的相互作用的问题，在用药前仍需要考虑患者的个体用药情况。
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