人体感染丙肝病毒之后，病毒随着血液到达肝脏，再进入肝细胞后，在肝细胞内大批量的复制，“繁殖”下一代。1.丙肝病毒对肝细胞的直接损害，丙肝病毒复制的时候，会干扰肝细胞内的一些物质大分子物质的合成。相当于公司内部进了一个破坏分子，破坏公司的氛围。最终的结果，会增加细胞内溶酶体膜的通透性，而引起细胞病变。丙肝病毒复制的时候，还会产生一些蛋白质，这些蛋白质对肝细胞是有毒性和杀伤作用的。
2.免疫损伤，和乙肝病毒感染一样，丙肝病毒感染对肝脏的损伤，也主要是免疫损伤。丙肝病毒感染肝细胞以后，肝组织内会产生针对丙肝病毒的特异性细胞毒性淋巴细胞，这种细胞就像带了犯罪分子的画像一样，会专门去寻找、攻击丙肝病毒感染的肝细胞。另外，丙肝病毒感染肝细胞之后，人体也会分泌一些相关的细胞因子。这些因子本来是用来协助免疫系统清除丙肝病毒的，但在清除病毒的同时，“杀敌一千、自损八百”，不小心也同时带来了对对肝细胞本身的损害。所以，有人说，清除病毒的免疫反应，就像一把“双刃剑”，伤了病毒也可能伤了自己。
3.自身免疫：抗体攻击患者的肝脏，很多感染者的血液中有自身免疫抗体，比如抗肝肾微粒体抗体阳性，等等，提示丙肝病毒的发病和自身免疫反应有关，类似于自身免疫性肝病的一些表现。自己体内的抗体，把自己的细胞当成了“敌人”进行攻击，正是自身免疫疾病的发病机制。4.引起肝细胞凋亡，丙肝病毒感染之后，会引发一种叫做Fas的分子大量表达，正常人肝脏里面是没有这个分子表达的，这个分子表达和肝细胞的凋亡有关。肝细胞凋亡和死亡不一样，凋亡一般不伴有炎症反应，悄无声息。所以，一旦发现感染丙肝一定要及时就医治疗丙肝。
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