感染丙肝病毒之后并不会马上发病，而是会有一个缓冲期，这就是丙肝潜伏期，到病毒感染后病毒出现在血液中直到可以检出足够多的相应病毒标志物（抗原或抗体）前的时期就属于丙肝窗口期，那么丙肝窗口期和丙肝潜伏期有什么区别？丙肝感染后临床表现一般较轻，常为亚临床型，但输血后感染的潜伏期一般为20天到6个月，也有资料报道2－26周，平均8周。急性感染丙型肝炎病毒后1～3周，输血感染者潜伏期较短为7~33天，平均19天。也有专家指出丙肝潜伏期最高可达20年之久。在此期间它几乎没有任何征兆。不过，无症状并不代表它没有杀伤力。若不及时诊治，6个月后约有75％-85％的丙肝患者会演变为慢性丙肝，其中有10％-30％的患者可能在患病20年左右发展为肝硬化，甚至有3％-10％会演变为致命的肝癌。
丙肝病毒属于RNA病毒，非常容易变异。在人体感染病毒后但尚未产生抗体前的一段时间会有一个“窗口期”，那在"窗口期"，即使病人已感染了病毒，但由于针对病毒的抗体并不稳定，所以检查抗病毒的抗体的结果却是阴性，容易造成漏诊。
相对于抗体出现的比较晚，丙肝核心抗原的出现时间远远早于抗体出现时间，人感染丙肝到产生抗-丙肝的平均时间约60d，这也就是丙肝窗口期。但丙肝核心抗原于丙肝感染后12～15d即可检测到，较丙肝核心抗体出现提前5～7周。Peterson等报告，丙肝核心抗原的出现时间仅较丙肝 RNA晚1d。因此，丙肝核心抗原筛查可用于丙肝感染的早期诊断。
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