丙型肝炎与乙型肝炎有许多不同。首先是感染人群不同。乙型肝炎大多自幼感染，多数发病的患者年龄较轻；丙型肝炎大多在成年输血或不安全注射感染，年龄明显高于乙型肝炎。丙型肝炎肝外表现明显多于乙型肝炎，并发糖尿病、肾病、脂肪肝、心脏病、免疫系统疾病及肿瘤者较多。因此，丙型肝炎患者比乙型肝炎患者合并用药者更普遍。
治疗丙肝的药物又与乙型肝炎药物不同。治疗丙型肝炎的直接抗病毒药物都需要2种以上药物联合治疗，而这些药物与许多其他药物常常会发生相互作用。而治疗乙型肝炎的药物大多单药治疗就有效，除非耐药或应答不佳者，很少联合用药；且治疗乙肝的核苷(酸)类药物与其他药物很少发生相互作用。因此，在使用丙型肝炎直接抗病毒药物治疗期间要特别关注药物的相互作用，尽量减少其他药物的应用。
丙型肝炎直接抗病毒药物与其他药物相互作用，可能增加或减少抗病毒药物在血液中的浓度，使药物的疗效发生不同程度的影响；或影响其他药物的代谢，使药物不良反应发生的风险增加。索磷布韦刚刚上市不久，美国FDA就收到9例服用胺碘酮治疗的患者在使用含有索菲布韦方案的药物治疗丙型肝炎后发生严重的心动过缓，其中1例心脏停搏死亡，3例需要安装起搏器治疗。
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