丙肝的高比例慢性化和基因水平的高度变异性，使诊断和治疗复杂化。丙肝基因型呈现一定的区域性分布：1、2、3型广泛分布于欧美、澳洲以及东亚，北美以1a型多见，1b型次之。1b型在世界范围内普遍存在，美、欧、中、日等地其流行率超过感染人群的70%。2c在意大利流行率高，3型在印度半岛、印度尼西亚、中东地区多见。非洲则以4、5、6型为主。在我国大陆以1b、2a型为主，在南方以1b为主，由南到北2a型逐渐增多。感染1型病毒罹患肝细胞癌的几率明显高于其他基因型病毒，其中1b型病毒几率最高。2、3型病毒感染则容易发生重型肝炎。以上原因也导致丙肝治疗方法各不相同。
不同基因型对治疗应答的影响，构成了对HCV进行基因分型检测的必要性。有研究表明，年龄低于40岁的患者，治疗后病毒应答结果要好于年长者，年轻女性病毒应答效果较好。在现行的丙肝防治指南中干扰素和利巴韦林的联合治疗仍然是治疗丙型肝炎的最佳标准方案。大量的临床试验表明．当利巴韦林和干扰素联合治疗时，1型患者的治疗效果没有2、3型的效果好。用丙肝标准治疗24周，基因2、3型患者的持续病毒应答率达70％一80％，而基因1型患者的持续病毒应答率仅40％一50％，且需治疗48周。
目前直接抗病毒药物主要分为三类：（1）NS3/4A蛋白酶抑制剂；（2）NS5B聚合酶抑制剂；（3）NS5A抑制剂。它们作用于丙肝病毒复制的不同环节，抑制病毒复制，从而发挥直接抗病毒作用。在这些药的说明书中对于不同基因型患者采取的治疗方案是不同的。在丙肝病毒基因型不明的情况下实施治疗可能会导致治疗失败或治疗时间延长，世界卫生组织以及中国丙肝防治指南中都建议：临床医生需要依据丙型肝炎的不同基因型选择治疗方案，这样才能获得最好的丙肝治疗效果。
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