虽然甲、乙、丙、丁、戊五种病毒都可引起肝脏病变，但丙肝病毒的破坏力更强，同时丙肝病毒也是造成肝硬化、肝癌的主要病因。在2017年丙肝病毒（慢性感染）已被世界卫生组织国际癌症研究机构认定为一类致癌物。由于丙肝病毒的特异性，目前还没有疫苗能预防，因此丙肝抗病毒治疗关系重大。然而丙肝的治疗效果受宿主和病毒等多种因素的影响，因此在治疗之前患者必须进行病毒基因分型检查，肝功能检查等。不同基因型的治疗方案和判断预后有显著差别。很多丙肝也因此患者感叹丙肝病毒到底是个什么东东？
由于丙肝慢性化的几率高，基因的变异性复杂，使丙肝的诊断和治疗相对乙肝更复杂。不同基因型的丙肝患者呈现一定的区域性分布，比如基因1、2、3型主要分布于欧美、澳洲以及东亚地区，而北美以1a型多见，1b型次之。1b型丙肝患者在世界范围内普遍存在，美、欧、中、日等地丙肝病毒的流行率超过感染人群的70%。在意大利丙肝患者最常见的基因型多为2c型，3型在印度半岛、印度尼西亚、中东地区多见。非洲则以4、5、6型为主。在我国大陆以1b型和2a型为主，在南方主要是1b型丙肝患者，由南到北2a型逐渐增多。但近年来报道丙肝病毒基因型地域分布有所变化，广东、云南等地区发现了少量6型感染者，可能与人群流动性增加、静脉吸毒增多等因素有关。感染1型丙肝病毒的患者患肝癌的几率明显高于其他基因型病毒，其中1b型病毒几率最高。2、3型病毒感染则容易发生重型肝炎。
不同基因型的患者对丙肝的治疗应答的影响，使丙肝病毒基因分型检测变得尤为重要。有研究表明，年龄低于40岁的丙肝患者，在进行有效丙肝治疗后病毒的应答结果要好于年纪大的患者，在所有的患者中，年轻女性病毒应答效果相对更明显。目前在我国的丙肝防治指南中长效干扰素联合利巴韦林治疗仍然是主要的丙肝的治疗方法。大量的临床试验表明：当利巴韦林联合干扰素治疗时，1型丙肝患者的治疗效果没有2、3型的效果好。用丙肝标准治疗24周，基因2、3型患者的持续病毒应答率达70％一80％，而基因1型患者的持续病毒应答率仅40％一50％，且需治疗48周，但由于干扰素治疗丙肝引起的副作用很多，遭到很多患者诟病。目前国际上主要采用直接抗病毒药物进行治疗，直接抗病毒治疗丙肝的药物主要分为三类：（1）NS3/4A蛋白酶抑制剂；（2）NS5B聚合酶抑制剂；（3）NS5A抑制剂。
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