干扰素是很传统的方法了，由于疗程长、副作用大、复发率高、注射治疗痛苦等缺点，逐渐被进口的丙肝特效药取代。进口的丙肝药可分为三类：欧盟组合（索非布韦+达卡他韦）、吉二代、吉三代。其中吉三代适用于任何分型，欧盟组合和吉二代只能针对特定的基因型治疗。丙肝基因型共有6种。国内丙肝患者主要是1b型，其次分别为基因2型、3型和6型，尚未发现基因4型和5型。针对不同基因型，如何选择丙肝最佳治疗方法。
1b型丙肝治疗方案：欧盟组合III期临床试验数据、吉二代III期临床试验数据和吉三代III期临床试验数据显示：欧盟组合对于1型无肝硬化患者一个疗程治愈率约为96.4-97.7%；吉二代约为95-100%；吉三代约为98-100%。2型丙肝治疗方案：欧盟组合III期临床试验数据和吉三代III期临床试验数据显示：欧盟组合对于2型无肝硬化患者一个疗程治愈率约为92-98.1%；吉三代约为99-100%。
3型丙肝的治疗方案：欧盟组合III期临床试验数据和吉三代III期临床试验数据显示：欧盟组合对于3型无肝硬化患者一个疗程治愈率为96%；吉三代约为93-100%。6型丙肝治疗方案：吉二代III期临床试验数据和吉三代III期临床试验数据显示：吉二代对于6型无肝硬化患者一个疗程治愈率约为96%；吉三代为100%。综上，吉三代是丙肝1b型、2型、3型和6型的最佳治疗方案。
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