乳腺癌对帕博西尼palbociclib的敏感性

　　在这项评估纵向ctDNA评估在PALOMA-3研究中的预测作用的分析中，我们表明具有主干PIK3CA突变的早期循环肿瘤DNA动力学预测晚期激素受体阳性乳腺癌对palbociclib的敏感性。ESR1突变的早期动态，通常是亚克隆的，不能预测敏感性，或者充其量没有像PIK3CA突变的动态那样强烈地预测。进化的ESR1根据早期循环肿瘤DNA动力学评估，突变克隆显示palbociclib和氟维司群的组合以及单独使用氟维司群的丰度初始显着降低，但这与单独使用氟维司群的PFS相对于野生型患者的长期改善无关。输入ESR1。与PIK3CA突变相比，ESR1突变在治疗结束时更常无法检测到，并且ESR1的早期克隆选择治疗15天后可以检测到突变，预测进展时的克隆结构。结合这些观察结果，提出了一种潜在的策略，通过早期评估来自干和亚克隆突变的ctDNA来解决肿瘤内遗传异质性的影响，提供更早的结果指示并快速识别不会决定长期结果的亚克隆。这些数据还强调了在早期ctDNA动力学和临床终点之间进行外推时，了解ctDNA遗传改变的克隆状态和功能意义的重要性。　　

　　先前的研究一直无法确定在ER阳性乳腺癌中对palbociclib敏感的基于肿瘤的生物标志物。无论PIK3CA也不ESR1基线突变状态被发现预测结果对palbociclib和氟维司群在PALOMA-3试验的以前的分析。在Palbociclib和来曲唑治疗一线晚期激素受体阳性乳腺癌的PALOMA-1/TRIO-18试验中前瞻性地评估了CCND1的扩增、基因编码细胞周期蛋白D1和p16的缺失，但两个标准都没有确定更好的反应者亚组。功能性视网膜母细胞瘤蛋白（Rb，由RB1基因）是对体外CDK4/6抑制反应的必要条件，但这在临床上尚未得到证实，部分原因可能是RB1畸变在ER阳性乳腺癌中很少见。ctDNA动力学的早期治疗评估代表了第一个预测对palbociclib反应的生物标志物。我们在此的结果表明，在palbociclib和氟维司群治疗晚期激素受体阳性乳腺癌的情况下，当在血浆中追踪PIK3CA等躯干突变时，ctDNA的早期抑制比肿瘤大小的变化更早地预测长期结果。　　

　　我们的数据表明，早期ctDNA变化可能预示着细胞生长抑制疗法，如palbociclib。由于未能转变细胞周期的S和M期，癌细胞主要经历凋亡。我们的数据表明，在palbociclib上细胞周期阻滞不完全的癌症在治疗时继续增殖，经历细胞凋亡和/或坏死，循环中肿瘤DNA不断释放。相比之下，具有更完整的G0/G1细胞周期停滞至palbociclib的癌症不再经历细胞死亡，并且更完全地抑制了ctDNA。因此，通过CDK4/6抑制剂组合确保细胞周期完全停滞是通过治疗维持长期疾病控制的关键。

　　　　由于基线时的PIK3CA突变检测不是palbociclib和氟维司群的预测生物标志物，在该分析中，它可能代表了一种评估患者癌细胞释放的DNA存在的功能不可知手段，其躯干状态意味着它在所有癌症中都有发现患者体内的细胞。我们的数据说明了评估克隆性在使用早期ctDNA动态预测癌症靶向治疗反应方面的重要性。在芳香酶抑制剂治疗期间，ESR1突变克隆在ER阳性晚期乳腺癌中进化，ESR1突变导致组成型活性ER17。我们证明ESR1突变通常是亚克隆的，具有高水平的多克隆性。ESR1突变亚克隆性意味着它们不能很好地代表患者的整体癌症，限制了它们的ctDNA动力学预测临床结果的潜力。　　

　　此外，尽管ESR1突变体克隆可能对氟维司群或palbociclib和氟维司群的组合非常敏感，这并不能转化为ESR1突变癌症患者的PFS改善。与此相反，我们表明，在癌症中具有ESR1突变的患者单独使用氟维司群的结果更差。这种差异可能是由于在血浆中检测到ESR1突变的癌症具有遗传多样性，并且更有可能具有此处未评估的其他抗性亚克隆，这突出了通过非侵入性检测了解异质性的潜在重要性。先前对治疗前2周内早期ctDNA动力学的研究没有评估亚克隆性或探索功能不同的克隆，使用单一基因或接受各种治疗的异质队列并测量许多不同的遗传畸变。在异质性队列中进行的结肠直肠研究能够显示早期ctDNA动力学的一些临床预测价值可能是因为评估的大多数突变可能是截断的，是根据原发疾病的患病率选择的9。相对早期克隆动力学可以提供一种解决肿瘤内遗传异质性的方法，通过早期识别治疗敏感性的差异，并预测进展过程中克隆组成的变化。　　

　　干细胞突变方法的早期ctDNA动力学可以应用于其他没有生物标志物的癌症治疗，但仍然存在许多挑战。Palbociclib的细胞抑制作用可能在将此分析推广到其他非细胞抑制治疗方面具有重要意义。比较评估的最佳时间点也是未知的。推广这种方法的进一步问题包括自信地选择一个主干突变和理解亚克隆的功能意义，如这里看到的PIK3CA和ESR1之间的对比.从技术上讲，测量早期变化的血浆肿瘤含量的最佳方法仍然不确定。数字PCR的优势、速度、灵敏度和精确度在极低浓度下绝对定量，可能会受到带有纠错分子条形码的多区域测序的挑战。这也将允许评估更广泛的躯干和亚克隆畸变，为更丰富的亚克隆分析提供机会。　　

　　这些结果是探索性的，必须小心解释它们。该分析的优势包括在相对同质的患者队列的大型III期随机对照试验中收集的样本和结果数据，收集的样本专门用于分析CDR15预测PFS的潜力。未选择队列在各种治疗中的异质性对比较克隆动力学的有意义研究提出了重大挑战。我们研究的一个限制是关于PIK3CA和ESR1的真实躯干或亚克隆状态存在一定程度的不确定性突变，我们推断而不是直接评估多个区域、多个时间点的活检。来自档案原始组织的数据将有助于支持我们观察到的大多数PIK3CA突变是躯干突变的假设。TCGA数据分析证实，多克隆PIK3CA突变在原发疾病中很少见，但对内分泌耐药疾病的描述较少。在PALOMA-3分析中观察到的一小部分PIK3CA突变可能是亚克隆的，对于观察到的ESR1突变的等位基因分数高于其PIK3CA的患者可能就是这种情况突变。另一个限制是我们能够评估的血浆量相对适中，尽管这对我们的分析没有实质性影响。重要的是，我们还缺乏一个独立的临床数据集来验证CDR15的PIK3CA截止值；在测试该标准以用于临床决策之前，这将是必需的。　　

　　尚不确定这些结果是否适用于其他palbociclib-激素治疗组合以及其他CDK4/6抑制剂。具有治疗结束样本的患者相对较少，并且治疗结束时ESR1突变丢失的频率估计不准确。我们的分析是特定于数字PCR分析，独立的截止值将需要被导出替代叶绿体DNA分析技术，例如纠错分子条形码序列。另一个考虑是我们优化的CDR15临界值对于临床目的是否过于严格，以及是否应该采用更高的临界值，通过确定临床可接受的最小PFS获益中值来定义。　　

　　在独立临床队列中进行验证后，这些数据将支持试验，测试基于早期ctDNA动力学改变治疗策略可能会改善结果的假设，方法是切换到另一种方式或为ctDNA抑制不足的患者增加额外的治疗。例如，晚期激素受体阳性PIK3CA患者对帕博西尼palbociclib和氟维司群ctDNA抑制不足的突变乳腺癌可能受益于早期引入PI3-激酶抑制剂。需要使用循环DNA反应的有效截止值进行进一步的临床试验，以前瞻性地测试这种方法。还可能将这种方法转化为允许对其他治疗进行早期评估，并对治疗反应进行个体化评估。可以想象，ctDNA反应也可用于在早期试验中筛选药物的疗效迹象。未来检查循环肿瘤DNA早期动态的试验需要考虑所测量畸变的克隆状态，以及将可能是亚克隆和功能不同的畸变分组是否合适。详情请扫码咨询：