怀孕期间是可以接种乙肝疫苗的，乙肝疫苗不会影响胎儿。怀孕期间一些减毒活疫苗是不能接种的。如：麻疹疫苗、风疹疫苗、流行性腮腺炎疫苗及其它们的联合疫苗等。因为减毒活疫苗可以在妊娠妇女体内复制，有导致胎儿感染，造成流产或胎儿畸形的风险。灭活疫苗和基因工程疫苗对怀孕妇女一般是安全的。乙肝疫苗属于基因工程疫苗，因此不会影响怀孕和胎儿。
早有临床研究证明怀孕妇女接种乙肝疫苗是安全的。妊娠妇女接种乙肝疫苗后，不仅可以和非妊娠妇女一样产生抗体，还可以把抗体输送到胎儿体内，使胎儿获得了先天性免疫力，而且对胎儿和母亲无明显不良影响，不会导致胎儿异常。在美国，乙肝疫苗没有被列入妊娠期间禁止使用的疫苗之列，建议所有妊娠妇女在产前筛查乙型肝炎，对于乙肝表面抗原(HBsAg)阴性的孕妇，如果属于乙肝病毒感染的高危人群，建议在孕期接种乙肝疫苗。因此，孕期接种乙肝疫苗是安全的。如果在接种乙肝疫苗后意外怀孕，不必担心。乙肝疫苗不会影响胎儿发育，不必终止妊娠。
但是，我国疾控中心还是要求乙肝疫苗不要在怀孕时接种，乙肝病毒感染的高危育龄妇女(配偶或性伙伴为乙肝病毒感染者)应该先打疫苗再怀孕。这一方面是因为乙肝病毒可以通过性接触传播，女性接种乙肝疫苗产生抗体后再怀孕不仅可以有效预防性接触感染乙肝病毒，同样也可以把体内的抗体转移给胎儿。另一方面，尽管乙肝疫苗对妊娠及胎儿无影响，但孕期接种疫苗后，一旦出现自然流产、胎儿异常等的偶合症，常常会给疫苗背上“黑锅”。孕前接种疫苗可以避免这些没必要的麻烦。
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