乙肝病毒由外膜和内核两部分组成，完整的乙肝病毒颗粒是直径42纳米的球形，病毒的外膜由蛋白质和膜脂质组成，称作乙肝病毒表面抗原（HBsAg）。病毒的中心部分为病毒的核心，其中包括核心抗原HBcAg）和e抗原HBeAg），内核中心含有病毒基因（DNA）和DNA聚合酶。常见的检查被称之为乙肝五项检查。
乙肝病毒有三种抗原成分：表面抗原（HBsAg）、核心抗原（HBcAg）和e抗原（HBeAg）。这三种抗原在人体内可引起机体免疫反应，产生相应的三种抗体，即抗-HBs、抗-HBc和抗-HBe。这些抗原和抗体可作为乙肝病毒感染的诊断标志。但由于用一般的方法在血清中很难检测到乙肝病毒核心抗原（HBcAg），只能检测出HBsAg和抗-HBs、HBeAg和抗-HBe、抗-HBc五项指标（即：乙肝五项或乙肝两对半）。这也就是乙肝五项指标的来源。
乙肝病毒表面抗原刺激机体产生的表面抗体——抗-HBs属于“中和抗体”，能“中和”并清除乙肝病毒，是机体免疫功能战胜乙肝病毒的主要“武器”。用乙肝病毒表面抗原结构中的某一片段为抗原可制出乙肝疫苗，预防人类感染乙肝病毒。乙肝病毒核心抗原有促进病毒成熟的作用，常表示体内有完整的病毒颗粒存在，具有传染性。同时，e抗原又是乙肝病毒复制过程中产生的“副产品”。因此，血清中有e抗原存在也是病毒复制的标志。
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