无论用干扰素或核苷类药（贺普丁、贺维力、博路定和替比夫定），无论治疗有效或无效，都必须定期进行乙肝两对半检查。抗病毒治疗后定期复查的目的，对有效的病人为了观察治疗后疗效是否稳定;对无效病人为了监控病变的进展。复查的频度和项目须根据病人的病毒水平、病变程度和治疗情况。干扰素治疗有效的病例少数可能复发。治疗只有部分效应的病人，可发生炎症加重，但也可以出现后续效应而病情恢复。“大三阳”的病人获得综合效应（e抗原转阴、HBV DNA检不出、肝功能正常）而停药后1年内须每3个月复查一次，1年后每6个月复查一次谷丙酶。“小三阳”的病人感染的是变异的乙肝病毒，常会复发。停药时HBV DNA已不能检出者， 须每3个月复查一次谷丙转氨酶和HBV DNA。
治疗无效的病人应每1~2个月检查一次谷丙转氨酶、必要时进行乙肝两对半检查病毒定量，考虑再次治疗。所有有效的病人须每年检查表面抗原半定量，以追踪表面抗原何时消失而获得痊愈。核苷类药治疗有较好的初期效应，长期维持治疗（只要不发生耐药变异）可以有维持效应。核苷类药停药后多数会复发，长期进行定期复查非常必要。停药后大多数只是复发;其中有的病人会复发加重，尤其在肝硬化病人，可能发生灾难性的后果。复发加重的发生率各种药物不同：贺普丁和博路定约有10%;贺维力可达30%，停药的病人必需警惕！停药时e抗原仍阳性的病人，可能很快病情再活动，需要每个月检查谷丙转氨酶。
停药时如e抗原已经转阴，而e抗体尚未转阳者，常在半年内复发。半年内需要每个月检查谷丙转氨酶，以后可减少检查次数。停药时e抗原消失并出现e抗体者（即转为“小三阳”），如当即停药，多数也在半年内复发。如继续治疗2年后停药，停药1年内约有30%复发;其余可能在5年内陆续复发;较少数的病人可以稳定不复发，个别病人甚至s抗原（HBsAg）消失而痊愈。因而，停药后都需要定期复查，主要是检查血清转氨酶，初期每个月1次;然后按情况延长间隔期，但仍需长期复查。
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