注射乙肝疫苗没产生抗体可能是机体的免疫耐受，所谓免疫耐受，指免疫活性细胞接触抗原性物质时所表现的一种特异性的无应答状态。也就是说机体在接种乙肝疫苗后，没有像正常免疫反应那样去抵抗病毒，从而没有产生相应的抗体。患者可能在注射乙肝疫苗之前已经感染了乙肝病毒，由于免疫反应比较弱，机体暂时没有产生明显的乙肝症状，常规的乙肝标志物检测也无法检测出，或由于病毒血清含量较少，无法使用核酸检测出病毒载量。这类人群也不会或不容易产生抗体。
人类不同的个体免疫反应都不大相同的，当然注射乙肝疫苗所需要的剂量也不相同，目前所注射3针的乙肝疫苗剂量能够促使90%以上人群产生相应的抗体，但也有少部分人因剂量不足，不足以使机体产生抗体。因先天因素，机体无乙肝病毒受体，因此T细胞和B细胞无法取得信息，机体无法了检测到是否感染乙肝病毒，因此无法发生免疫反应，故而无法产生抗体。是否产生乙肝抗体，主要通过乙肝五项检测来判断。常见的检测方法有ELISA法以及化学发光法。传统的乙肝标志物检测存在各类不确定因素，如试剂本身质量问题、试验操作不规范等原因造成乙肝表面抗体检测假阴性现象。
当乙肝病毒发生变异后，其生物特性也会发生一系列新的变化，从而使乙肝疫苗无法发挥作用。另外，一些乙肝病毒感染者，乙肝病毒表面抗原的亚型有所不同。亚型种类有多种，乙肝疫苗是针对主要的病毒亚型而设，所以难免有顾及不到的亚型，如果是较为罕见的病毒亚型，注射乙肝疫苗也不会有保护作用。
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