乙肝疫苗自1979年问世以来，经过近20年的大规模应用和观察，至今尚未见有关于注射后引起严重副作用的报道。只有少数人出现接种部位红肿、硬结、疼痛，手臂酸重或发热、恶心、呕吐、乏力、皮疹等与一般疫苗接种大致相仿的轻微反应，多于1—3天内不治自愈。由于乙肝疫苗属血源性的，在制备过程中纯化与灭活程序十分严密，故不会产生像破伤风等动物血清疫苗可能造成的过敏反应，也不会感染上乙肝、艾滋病及其他传染性疾病。
乙肝疫苗有效期为5年—7年，但是乙肝疫苗接种后产生的抗体水平随时间的变长可能逐渐下降。一般接种疫苗，注射3针后1个月97%的人都可以检测到表面抗体，但是到了第2年仍保持在这一水平，到了第3年降到74%左右，抗体滴度也下降。是否需要再次接种疫苗，主要是要在测定乙肝表面抗体后，决定何时进行乙肝疫苗。乙肝表面抗体滴度等于或者小于10国际单位/毫升者，应该在半年内接种。如果抗体滴度大于10国际单位/毫升可在6年内复种。就我国状况的多数学者建议免疫后3年内加强1次为好。
乙肝疫苗可以和流脑疫苗、脊髓灰质疫苗、乙脑疫苗同时接种，但是乙肝疫苗最好不要和麻疹疫苗同时使用。最近注射过多价免疫球蛋白的孩子，6周内不应该接种麻疹疫苗。与其他疫苗同时接种亦末出现相互干扰作用;因此，可以说，乙肝疫苗是安全可靠的预防疫苗，注射前也不必皮试。
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