慢性乙肝使用抗病毒药物前，应在正规医院肝科医生指导下进行。当前，抗病毒药物分为两个方向，包括核苷类似物和干扰素治疗，这两种也是受到医药学界认可的。根据药物适应症、可耐受不良反应、年龄、慢性乙肝进展情况和指标，所选择的抗病毒药物也都不同。
目前慢性乙肝的一线治疗核苷酸药物有三个，分别是恩替卡韦、替诺福韦酯和韦立得。不过在指南中没有提到哪一种抗病毒药物更好的说法，但是，提倡首选耐药率低、抗病毒作用强的药物作为初始治疗。乙肝一旦开始抗病毒治疗，比较容易遇到擅自停药或中断用药，慢性乙肝需了解该风险，可导致乙肝反跳。
当前，使用核苷类似物比较较多，主因是可以长期服用，对人体不良反应较少，缺陷是容易发生耐药，尤其是拉米夫定、阿德福韦酯等。因此，对于年龄较轻已有乙肝发病，选择哪一种药物，也要谨慎，尤其少年期选择核苷类药物应先咨询正规医院医生。同时，核苷类药物说明书上，一般也会注明，不适用于小儿乙肝患者。
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