任何疾病在治疗的过程之中，最为害怕的一种结果就是产生耐药性。乙肝的治疗也不例外，抗病毒药物耐药是乙肝治疗中的一大难题。有专家指出，在拥有多个乙肝抗病毒治疗药物的今天，乙肝病毒耐药已成为当今乙肝治疗领域最大的挑战。乙肝出现耐药的原因：现在造成乙肝耐药的原因有非常多，曾有一项研究发现有一家三口人经检查全部都为乙肝病毒阳性，肝功能不好，都在用核苷类似物治疗，经检测发现，他们对乙肝药物产生了耐药。
这样的例子并非个别现象，据粗略统计，我国乙肝耐药者约有8-10万；此外，滥用药物也是一个重要原因，例如有的乙肝孕妇，为预防将来出生的孩子不得乙肝而选用核苷类似物预防；还有的病人擅自停药；而非专科的医务人员不规范用药也是造成耐药的原因。耐药突变后果严重：乙肝病毒一但出现耐药的情况，将使后续治疗的药物疗效降低。乙肝病毒产生耐药之后，会发生病毒的反弹，血清转氨酶升高，HBeAg血清转换率降低，肝脏病理进展，肝硬化病人出现肝功能失代偿和死亡，肝移植后肝炎复发率增高。
根据不同的研究表明，先在已上市的几种核苷类似物中，拉米夫定治疗5年耐药率为60%-70%；阿德福韦治疗出现耐药的时间要晚于拉米夫定，治疗5年时，HBeAg阴性初治患者基因型耐药率达29%；替比夫定治疗2年时，初治患者发生基因型耐药率为22%（HBeAg阳性）、9%（HBeAg阴性）；恩替卡韦治疗初治患者4年时，基因型耐药率低于1%-2%。
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