在一些乙肝患者中流传着一种说法：慢乙肝患者接受抗病毒治疗必须终身用药。部分患者因此而顾虑重重，的确，慢乙肝的抗病毒治疗需要长期进行，这是因为目前的核苷（酸）类似物抗病毒药主要作用是抑制乙肝病毒的复制而非直接杀灭病毒，因此，需要长期持续地抑制病毒复制，才能够达到控制肝脏炎症、稳定甚至减轻肝脏纤维化，从而维持机体稳定的健康状态，减少或防止肝硬化甚至肝癌的发生，改善和维持患者良好的生存质量。
但是，长期治疗与终身治疗的概念并不完全相同。经过十多年抗病毒治疗的临床实践和研究，国内外医学界已经基本达成共识：虽然核苷（酸）类似物抗乙肝病毒不如干扰素那样有明确的疗程，但也可以根据疗效，选定一些指标作为治疗终点的标志，从而实现有限疗程。我国2010年修订的《慢性乙型肝炎防治指南》提出的核苷（酸）类似物治疗慢乙肝的指导性意见是：治疗前为e抗原阳性（大三阳）者，经过一年基础治疗，病毒载量（HBV DNA）低于检测值、ALT复常、e抗原转阴、e抗体转为阳性（小三阳）再巩固治疗至少1年（经过至少二次复查，每次间隔6个月）仍保持不变、且总疗程至少已达2年者，可以考虑停药，但延长疗程可减少复发。
而治疗前为e抗原阴性e抗体阳性的慢乙肝患者，同样经过一年基础治疗，ALT正常、病毒载量在检测值以下后，至少在巩固治疗一年半（经过至少3次复查，每次间隔6个月）仍保持不变、且总疗程至少已达到2年半者，也可以考虑停药，但由于此类患者停药后复发率较高，可以延长治疗。如果已经是乙肝后肝硬化且仍然有病毒复制，其用药的时间确实应该更长，尤其是失代偿性肝硬化患者，不能随意停药，一般认为需要终身用药。所以，用核苷（酸）类似物抗病毒治疗与其它药物治疗一样，需要根据每个患者不同的病情，采取个体化的治疗方案，包括治疗的时机、药物的选择以及停药的时机。
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