TAF的不良反应主要包括头痛、上呼吸道感染、咽炎、咳嗽等。临床研究试验数据显示TAF主要不良反应有头痛（9%）、腹痛（7%）、疲乏（6%）、 咳嗽（6%）、恶心（5%）、背痛（5%）。除了以上不良反应，TAF在使用时还需注意以下几点：
酸中毒、脂肪变性的严重肝肿大，曾报道过核苷类药物与其他抗病毒药物联用时 出现过乳酸酸中毒和脂肪变性的肝肿大病例，其中 有致死的病例，这些病例多见妇女中。
治疗终止后可能导致乙型肝炎病情加重，所以要对终止服用 TAF 的患者进行数月的临床和实验室两方面的严密监察，如有必要，恢复抗乙肝的治疗。
HIV/HBV共感染者有HIV耐药性发生的风险，不推荐HIV阳性患者单独使用TAF进行治疗。
TAF有引发或加剧与肾相关的不良反应的发生风险。建议在临床上对服用TAF前和服用TAF期间的患者进行血清肌酐、血清磷的评估，并同时对患者的肌酐清除率、尿糖和尿蛋白进行评估。从而降低患者发生肾功能损害和出现范可尼综合征(fanconi syndrome)的几率。
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