干扰素是常用于病毒性肝炎的治疗药物，在乙型肝炎与丙型肝炎的治疗中发挥了很重要的作用。但乙肝、丙肝目前已经上市了许多口服直接抗病毒药物，目前干扰素的应用也越来越少。干扰素的副作用相比较抗病毒药物还是比较严重的。
干扰素的副作用最常见的是发热及流感样综合征，此外患者可有脱发、体重减轻、情绪激动，骨髓抑制致血细胞、血小板减少，轻度贫血，偶可发生神经系统损伤，影响内分泌系统功能，有的患者会产生干扰素抗体。
用药超过4个月者的最常见副作用是轻、中度脱发，偶有停药后更严重者。斑丘疹多发生于躯干和四肢，但多为暂时性的；还有发生潜在特异性反应，表现为弥漫性红斑及荨麻疹等。轻度皮疹多呈自限性，不必处理；严重者应考虑停药或减量，并给抗过敏治疗。
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