目前抗乙肝病毒的一线药物是恩替卡韦和替诺福韦，这两种药物都有很强的抗病毒活性，耐药门槛也高。由于替诺福韦和阿德福韦是同一类型药物，都属于核苷酸类药物，长期服用有一定的肾损伤。所以对于无任何肾毒性的恩替卡韦更深受抗病毒的乙肝患友们所“偏爱”。但是，恩替卡韦并不适合于所有乙肝人群使用，例如已经出现拉米夫定或替比夫定耐药的患者和准备备孕或已经处于怀孕期间的妇女，是不能选择恩替卡韦进行抗病毒治疗的。
已经出现拉米夫定或替比夫定耐药的患者。由于恩替卡韦和拉米夫定及替比夫定都属于核苷类药物，有相同的耐药位点，为避免交叉耐药，这三种药物中，有任意一种药物出现耐药，其他两种药物在不到万不得已的情况下是不能使用的。有肾脏疾病，如红斑狼疮这类疾病，不能使用替诺福韦进行治疗的。这种情况下，如果拉米已经耐药的，也只能选择恩替卡韦抗病毒治疗，并且需要增加服药剂量，一般是每天服用2片。另一种情况是没有其他药物可选择时，当然这种情况可以忽略，毕竟目前替诺福韦已经上市，二代的替诺福韦也已处于临床实验中。
准备备孕或已经处于怀孕期间的妇女，是不能选择恩替卡韦抗病毒治疗的。由于恩替卡韦不属于妊娠B类药物，虽然根据临床研究恩替卡韦没有引起后代畸形的案例，但避免意外事情发生，孕期女性应该选择替诺福韦进行抗病毒治疗。这里需要另外提醒一点，男性在服用替诺福韦期间，健康体质妻子有怀孕意愿，根据我国15年版的乙肝防治指南中的内容，男性是不需要停药或换药进行备育的。
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