1、判断传染性的高低：若在常规体检中发现HBsAg阳性，就必须检查乙肝DNA以确定传染性的高低。单纯HBsAg阳性，乙肝DNA阴性，基本表明病毒无复制，传染力很弱。2、评价乙肝病毒携带者的疾病进展方向：乙肝病毒携带者若乙肝e抗原和乙肝DNA同为阴性，且ALT正常，称为乙肝表面抗原携带者，则患者疾病进展缓慢或趋于静止，不太容易出现肝癌或肝硬化，预后良好，一般不需要药物治疗。乙肝病毒携带者若乙肝e抗原和乙肝DNA长期为阳性，则容易出现反复的肝功能异常，容易向肝硬化、肝癌发展，预后差，一般需要抗病毒治疗。
3、用于判断是否需要抗病毒治疗：治疗前进行HBV DNA定量检测，根据病毒水平的高低结合ALT、肝脏疾病严重程度等，决定是否可以开始抗病毒治疗。满足抗病毒治疗的HBV DNA水平如下：“大三阳”慢乙肝（HBeAg阳性慢乙肝）：HBV DNA≥20 000IU/ml， “小三阳”慢乙肝（HBeAg阴性慢乙肝）：HBV DNA≥2000IU/ml。
4、评价药物治疗的疗效：考察某种药物治疗乙肝是否有效，首先要观察该药对乙肝DNA的抑制作用。 抗病毒治疗后HBV DNA快速下降并低于检测下限，说明抗病毒治疗疗效好。若抗病毒药物治疗半年后，HBV DNA虽然较治疗前下降了1/100，但是仍然可以检测到，需要注意是否有病毒学应答不佳（药物疗效不满意），需要咨询医生是否及时调整治疗。
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