乙肝病毒感染到一定程度，尤其是携带者成年以后，身体开始发现乙肝病毒不是什么好东西，就会主动清除它，从而进入免疫清除期。但在清除乙肝病毒的过程中，肝细胞也会受到损害，发生肝炎（转氨酶升高）。此时正是患者开始进行抗病毒治疗的好时机。那慢性乙肝该怎么治？很多患者希望速战速决，早点儿治好，早点儿停药。此想法可理解，但目前暂时无法实现。
新版《慢性乙型肝炎防治指南》（以下简称《指南》）把旧版内容“清除乙肝病毒”，改为“最大限度地长期抑制乙肝病毒”，说明短期治疗不切实际，长期治疗才是关键。“长期、优选、优化、定期检测”是初治策略的“十字方针”。其中，“优选”即选好患者、选好药、选好方案。因为，“没有哪一种药物对所有人都有一样好的效果”。医生需要根据患者的情况，与其沟通后，确定合适方案。方案一旦确定，患者就应坚持治疗。
肝硬化的患者乙肝怎么治疗？“既然肝硬化了，保保肝就算了”成为很多患者的想法。然而，乙肝发展成肝硬化后更要进行抗病毒治疗，不仅有效，还可以使肝功能迅速恢复，延缓肝硬化进展。对肝硬化而言，进行抗病毒治疗，“相当于标本兼治”。肝癌患者也是如此，哪怕做了手术，同样要进行抗病毒治疗。因为乙肝病毒若仍存在于肝脏，肝癌复发的机会将增加；而抗病毒治疗抑制了乙肝病毒，就能减少肝癌复发的机会。
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