随着针对乙肝病毒不同复制靶点的新型治疗方法出现，了解 HBsAg 分子病毒学，可帮助理解乙肝表面抗原定量检测结果在 CHB 不同疾病状态的临床意义。HBV 基因组由不完全环状双链 DNA 组成。包膜蛋白基因 ( preS1/preS2/S-ORF ) 编码三个 HBsAg，分别是小蛋白（ SHBsAg，S）、中蛋白 ( MHBsAg，M ) 和大蛋白 ( LHBsAg，L )。S 蛋白含量最多，约占包膜蛋白总量 1/3，主要负责包膜蛋白对病毒核衣壳的包裹和分泌。
抗病毒药物耐药与乙肝表面抗原定量检测。因编码包膜蛋白 S 区完全包绕编码聚合酶 P 区，抗病毒药物治疗耐药后，产生的 HBV 聚合酶编码基因点突变，或可终止 HBsAg 基因编译，但该突变同时增加了细胞转化风险。研究表明，长效干扰素 （PEG-IFN） 治疗时，血清 HBsAg 与肝内 cccDNA 和肝内 HBsAg 变化水平相一致。PEG-IFN 治疗随访发现，应答较好者，HBsAg 水平显著降低，治疗 24 周后，HBeAg 消失、HBV DNA <2000 IU/ml。
NAs 抗病毒治疗目的是抑制病毒复制，终点是 HBsAg 清除。监测 HBsAg 可预测经 NAs 治疗获得 HBsAg 清除所需时间、停药后持续应答时间和 HBV 再活化几率。总之，乙肝表面抗原定量检测可用于预测疾病进展、抗病毒疗效和预后评价。但目前 HBsAg 定量检测仍不能取代 HBV DNA 检测。在不同疾病阶段，要结合其它病毒学和生化学指标，综合评估病情，进而指导乙肝治疗。
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