乙肝疫苗接种后是否产生抗体，与机体本身的免疫功能关系密切，所以患有免疫缺陷疾病（如艾滋病）、导致免疫功能低下的情况（如恶性肿瘤、糖尿病、肾透析等）、长期使用免疫抑制剂等，都会降低机体对疫苗接种的抗体应答。研究还表明，含某种基因的人，对乙肝疫苗的免疫应答较差。此外，不良的生活习惯也会影响免疫效果，例如每天吸烟超过5支者，疫苗接种后抗-HBs应答率比不吸烟者低，嗜酒者亦然。实验证明，接种部位以上臂三角肌最优，臂部其他部位的接种效果则较差，这是因为除上臂三角肌外，其他部位的脂肪较厚，疫苗接种后一般仅在脂肪层中缓慢进入血循环，从而影响了疫苗对体内免疫细胞的刺激。在一定范围内，抗-HBs滴度随疫苗接种次数的增加而提高。
经大量人群实验证明，目前使用的0、1、6个月的免疫程序效果最好，世界卫生组织（WHO）推荐方案0、1、2个月的免疫程序效果也不错，但最好在第12个月加强一针。对于以上非乙肝病毒感染因素和基因因素，可通过尝试以下方法来提高免疫应答水平：加大接种剂量。目前，WHO推荐三针剂量都为10微克，对无应答或弱应答者，按0、1、6、12个月免疫程序加大基础免疫剂量（每剂20微克），75%无应答和弱应答者抗体滴度可达标。每隔两个月给予20微克乙肝疫苗，也可收到很好的效果。
增加疫苗免疫次数。对乙肝疫苗无应答，且非乙肝病毒感染者进行一次或数次的加强免疫是有效的，可以采用0、1、2、12方案或0、1、6、12方案。改变疫苗种类。通过改变疫苗组分或佐剂，可以提高疫苗的免疫效果。目前市售的乙肝疫苗中，葛兰素公司的甲乙肝联合疫苗对无或弱应答者效果较好，但价格较昂贵。变更接种途径。 常规肌内接种无应答者，可改用皮内多次接种法。温馨提示：通过上文我们了解了为何乙肝疫苗接种失败的原因，其中的一些可以通过补救方法来重新建立身体防线。而另一些已经患病的人群，此时则更要关注自身状况，定期体检以防身体状况突变。
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