急性病毒性肝炎通常有一段时间的潜伏期（不同病毒类型长短各异）。一般来说，甲型肝炎的潜伏期为15-45日（平均4周），乙型和丁型肝炎的潜伏期为30-180日（平均8~12周），丙型肝炎的潜伏期为15~160日（平均7周），戊型肝炎的潜伏期为14～60日（平均5~6周）。
丙型肝炎患者转氨酶水平常呈周期性升高。血清抗-HCV阳性是丙型肝炎的特异性诊断标志物。现有的免疫分析技术可在转氨酶升高初期即检测到抗-HCV，并持续至恢复后（罕见）和慢性感染期间（常见）。HCVRNA检测是目前判断HCV感染最灵敏的方法，是确诊丙型肝炎的“金标准”。HCVRNA可以在转氨酶水平急性升高前或抗HCV出现前检测出。极少数抗-HCV阴性的丙型肝炎患者中，检测出HCVRNA即可诊断。如果患者有明确的血液或血制品经皮暴露史，且出现特征性肝炎表现，但所有上述检测均为阴性，则可诊断为不明病原体引起的肝炎。
丙型肝炎急性期表现较乙型肝炎轻，无黄疸型更为常见，且很少致死，但确切的死亡率不详。病毒性肝炎最可怕的并发症是急性重型肝炎（大面积肝坏死），但幸运的是这种情况并不多见。急性重型肝炎主要发生于乙型、丁型和戊型肝炎，但是罕见暴发性的甲型肝炎病例主要见于老年人和慢性肝病患者（有的报道为慢性乙型和丙型肝炎）。暴发性病毒性肝炎超过50％为乙型肝炎，其中相当大比例的病例与 HDV感染相关，另一部分则合并慢性丙型肝炎。丙型肝炎很少有暴发性病例。
急性HCV感染后转为慢性的可能性为85％~90％。许多慢性丙型肝炎患者早期是无症状的，但在急性期后10~20年内，约20％进展为肝硬化；在转诊中心报道的一些病例中， 有50％的慢性丙型肝炎患者发生了肝硬化。
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